日本中华总商会在会员大会（总会）下设有理事会、执行理事会，全面负责会的运营与管理。执行理事会下设有四个专门委员会，负责各种事业活动的规划和实施。除了位于东京的本部外，在关西和新潟设有地方分会。事务局作为常设机构不仅负责会运营等日常工作，还担负着对外联络的窗口功能。

• 运营委员会：负责本会面向会员持续地开展交流和提供服务所需要的机制建设和相关活动的策划与实施。
• 涉外委员会：负责本会与中国、海外华侨以及日本经济界开展交流所需要的机制建设和相关活动的策划与实施。
  尤其是本会作为在日华商团体的代表加盟世界华商大会顾问委员会，维系与各国中华总商会等华侨团体的关系也是涉外委员会的重要功能之一。
• 广报委员会：负责本会对外宣传所需要的机制建设和相关活动的策划与实施。利用宣传册、网站、会刊等手段为外界更好地理解总商会服务，也为募集新会员提供信息。
• 总务委员会：负责本会财务会计总务等日常运营管理所需要的机制建设和具体实施。