日本中華總商会は『一般社団法人及び一般財団法人に関する法律』に則り、会員総会の下に理事会を設置しており、また運営管理を円滑かつ効果的に行うために、理事会の下に執行理事会を設け、事業活動の企画、専門委員会および事務局による実施および会の日常運営の指導監督を行っています。
執行理事会の下に四つの専門委員会を設けて、各種事業活動における方針策定と実施指導をしています。東京にある本部の外に、関西および新潟に地方分会を設置しています。常設機関としての事務局が会の日常運営を行い、対外連絡などの窓口機能も担っています。